经过暑假休整，书院教师于8月26日返校，并于27日至30日开展共学及各项筹备工作。冯哲院长讲课主题为《书院之路与发展之思》。
2012年9月，书院进入第七年，书院经过之前六年的积累，进入新的发展阶段，冯哲院长把2012年定为书院发展元年。
2012年9月至2013年8月一年，书院初步完成了核心部门的构建，完成了管理体系、管理制度的梳理、优化，形成了以院长室及各部门负责人为核心的管理层和例会，通过每周主班会议、辅班共学、集体共学、后勤会议来保证理念的传达和教学工作的落实。
经过一年时间，教学体系的构建也取得了一些成果，陆续成立的各个教研组：中文、英文、礼教、生活教育、乐教、语文、数学、书画、体育等，为各个学科教学经验的整理、共享，教学资源的积累、流通等，起到了很大的作用，促进了教学品质的提升。
2013年9月，新建设的“同园”正式起用，内有6栋小楼，设“中和楼”，内有舞蹈室、古琴室、会议接待室、阅读空间、音视频采集室；筹设“四海孔子书院·跨文化教育研究中心”；定位为书院童子园，将6岁前的班级集中于此，不仅在风格上凸显中国文化氛围，所有生活设施优化，以便利于幼童学习、生活、嬉戏；同时修建小剧场“论语堂”，可容纳200人，以便孩子们将来表演中英文短剧、举行各种活动。
新成立的网络信息部，把现代科技引进书院，文化传播力就是文化影响力，在历史上，中国一直也在科技领域遥遥领先于世界，在今天，我们希望“让科学技术成为弘扬圣学的助推器”。网络部完成了网络基础条件建设，引进4条高速光纤；开设“爱悌学堂”，首先向书院老师传授视频制作等技术，作为大家制作课件的基础技能。
“四海衣坊”经过一年的运作，自身的定位也逐步明晰，基于儒家“礼”的内涵，将传统的诗书礼乐与彰显中华人文精神的服饰相结合，传承中华传统服饰的神韵和审美，适应现代生活和学习的需求，研发制作适合书院师生四季的院服及配饰，并为所有喜爱中华传统文化的家庭和社会各界人士量身定做各种服装。
书院的对话交流、合作项目也持续推动，书院目前承担了全国教育科学“十二五”规划2012年度国家重点项目、“中华优秀传统文化教育研究”子课题“中华乐教”；2013年7月与中国人民大学国学院联合举办了“本体、诠释、实践——成中英教授哲学思想学术研讨会”；与美国卡登教育基金会、多米尼克大学、美国南卡州Clemson大学密切接触，探讨开设中美文化交流夏令营等。
书院目前在读学生为170余人，12个班级，分别为同心、至诚、心悦、中和、安亲、和乐、谦和、同德、正心、诚敬、静心、养正养志。
关于书院未来的发展，院长定位为向研究型、实践型发展。广泛联合海内外师友，筹建“跨文化教育研究中心”，同时加强书院内部课程体系建设、深化教研工作、完善教学评估的方法，从理念到实践两个层面，真正地提高书院教学品质；延请导师驻院，参与书院教学，与老师们密切互动，帮助老师们提升学养、修身功夫、教学能力；建设更具中国文化味道与气象的生活、学习空间。
院长还畅谈了他对书院创办十周年之预期与展望：有完整的课程与管理规范体系，有五个学部（童子部、蒙学馆、）的基本建制与规模，有进一步升格为经学院、儒学院或文理学院之牢固基础，初建大中小幼体系；有一批有水平、有专业的师资、深具潜质且纯粹，有相对功能齐全的校园专业教室与设备设施，有广泛且深入的联动合作院校，有国家级课题承担，且能拥有自主教育产权的书院特色课程及专业出版物体系；筹办“四海孔子书院十周年”系列活动：如书院国际论坛、十周年回顾展、十周年演出，出版：书院系列教材及课程，书院讲演录、书院课题总结、中国书院电影、书院主持研讨会论文集等；拥有：研究中心、出版中心、传播中心、培训中心与国际部、图书馆。